В своем вопросе вы сами на него отвечаете. В 2009 г. вы заключили письменный договор с ООО «Факториалом ЕК». Если договор этот вы не изменяли и не расторгали, то оплата должна производиться именно этой организации.
ЕМУП Чкаловский, а также Уральская домофонная компания, если они считают, что имеют право взыскивать оплату за обслуживание домофона, могут обратиться в суд и там попытаться доказать, что именно им необходимо платить деньги.
Смотрите также: Автоклуб «АиФ-Урал»: Консультация юриста от 04.10.2011 →