В Миссионерском институте студенты будут получать высшее образование по специальности «бакалавр теологии». Изучение богословских и гуманитарных дисциплин будет происходить под руководством профессоров, доцентов, докторов и кандидатов наук, а также опытных священников.
Для того чтобы быть зачисленными в число студентов, абитуриентам придется пройти вступительные испытания по русскому языку и истории России. Кроме того, устно необходимо сдать Закон Божий. Абитуриентам, сдававшим светские дисциплины в форме ЕГЭ, достаточно принести в приемную комиссию сертификаты, в которых указано количество набранных баллов. Свои знания трех вступительных предметов, будущие студенты должны дополнить еще и письменным благословлением на обучение от своего духовника.